目前，超聲波清洗機已經深入到了各個領域當中，不過一些操作人員由于不是非常了解超聲波清洗機的操作方式，經常會暴露出許多安全漏洞。因此，對操作人員進行相關知識培訓是非常有必要的。例如，操作人員在將清洗物體放入超聲波清洗槽內時，是不能夠將清洗物體直接放入底部的，可以將清洗物體先放入清洗籃內，再放入超聲波清洗槽，也可以使用清洗架托住清洗物體，使清洗物體遠離清洗槽底部等等，根據不同的清洗物體可以選擇不同的盛放媒介。這樣做的目的是為了避免清洗槽底部的超聲波振子所產生的高頻振動腐蝕工件表面，從而影響物體的使用。

另外，每次清洗物體的總量也不宜過多，應該根據清洗槽的大小，放入適量的清洗物體，避免由于物體太多，超聲波清洗機無法達到良好的清洗效果，或者無法清洗到某些物體的表面。而且并不是所有的材質都適合使用超聲波清洗機進行清洗的。例如橡膠材料就不太適合使用超聲波清洗機進行清洗，因為某些絕緣材料會吸收大量的超聲波能量，導致超聲波清洗機達不到良好的清洗效果。