一、超聲波破碎儀使用前要將超聲變幅桿插入樣品后才能開機，不可以空載操作。

二、超聲波破碎儀的超聲參數設置：設置鍵好儀器工作參數（具體設置見說明書或來電咨詢），對于對溫度要求比較敏感的樣品（比如細菌）一般外面采用冰浴，實際溫度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不會變性。 
1、時間：超聲時間每次最好不要超過5秒 ，間隙時間應大于或等于超聲時間，以便于熱量散發。時間設定應以超聲時間短，超聲次數多原則，可延長超聲機子以及探頭的壽命。 
2、 超聲功率： 不宜太大，以免樣品飛濺或起泡沫，如小于10ml樣品容量，功率應在200w以內,選用2mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿選擇開關打到相應擋；10-200ml樣品容量的功率在200－400w，選用6mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋；200ml以上的樣品容量功率在300-600w之間，選用10mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋；（2MM的小探頭功率嚴禁超過350W） 
3、 超聲波破碎儀的容器：有多少樣品就選多大的燒杯，這樣有利樣品在超聲中對流，提高破碎效率。

例如20ML的處理量最好用20ML的燒杯。例如100ml大腸桿菌樣品設置參數： 超聲5秒 ／間隙5秒 次數70次（總時間為10分鐘）。功率300W（僅供參考，詳情請咨詢技術人員） 500ML左右的量，功率開到500W-800W左右。

三、為了預防冰浴融化后液面下降導致空載，樣品需放在1.5ml的EP管里切記要將EP管固定好。

四、超聲探頭（變幅桿）插入水的深度在 1.5Cm 左右，液面高度在30mm以上最好，探頭要居中，不可以貼壁。超聲波是垂直縱波，插入太深不容易形成對流，會直接影響破碎效率。 
五、保養方法：使用完后用酒精擦洗探頭或用清水進行超聲。